Patarakin в 18:33, 20 сентября 2022

2022-09-20T18:33:31Z

← Предыдущая версия		Версия от 21:33, 20 сентября 2022
Строка 2:		Строка 2:
	digraph G {		digraph G {

	size="12,12";		// size="12,12";

	edge [dir="none"];		edge [dir="none"];

Patarakin в 18:32, 20 сентября 2022

2022-09-20T18:32:54Z

← Предыдущая версия		Версия от 21:32, 20 сентября 2022
Строка 1:		Строка 1:
	<graphviz>		<graphviz>
	digraph G {		digraph G {

	size="12,12";		size="12,12";

	edge [dir="none"];		edge [dir="none"];
			rankdir=LR;

	subgraph cluster_molecular_interactions {		subgraph cluster_molecular_interactions {

Patarakin в 18:31, 20 сентября 2022

2022-09-20T18:31:40Z

← Предыдущая версия		Версия от 21:31, 20 сентября 2022
Строка 1:		Строка 1:
	<graphviz>		<graphviz>
	digraph G {		digraph G {
			size="12,12";

	edge [dir="none"];		edge [dir="none"];

Patarakin: Новая страница: « digraph G { edge [dir="none"]; subgraph cluster_molecular_interactions { label = "molecular interactions"; inoh_biopax; // 1 http://www.inoh.org/ http://bio2rdf.org/inoh:Identifier reactome_biopax; // 2 http://reactome.org/ http://bio2rdf.org/reactome:Identifier pdsp_kidb; // 1 http://esw.w3.org/topic/HCLSIG_BioRDF_Subgroup/Data/KI_database neurocommons; // 1 http://sw.neurocommons.org/2007/text-mining.html }...»

2022-09-20T18:29:01Z

Новая страница: «<graphviz> digraph G { edge [dir="none"]; subgraph cluster_molecular_interactions { label = "molecular interactions"; inoh_biopax; // 1 http://www.inoh.org/ http://bio2rdf.org/inoh:Identifier reactome_biopax; // 2 http://reactome.org/ http://bio2rdf.org/reactome:Identifier pdsp_kidb; // 1 http://esw.w3.org/topic/HCLSIG_BioRDF_Subgroup/Data/KI_database neurocommons; // 1 http://sw.neurocommons.org/2007/text-mining.html }...»

Новая страница

<graphviz>
digraph G {
edge [dir="none"];

subgraph cluster_molecular_interactions {
label = "molecular interactions";
inoh_biopax; // 1 http://www.inoh.org/ http://bio2rdf.org/inoh:Identifier
reactome_biopax; // 2 http://reactome.org/ http://bio2rdf.org/reactome:Identifier
pdsp_kidb; // 1 http://esw.w3.org/topic/HCLSIG_BioRDF_Subgroup/Data/KI_database
neurocommons; // 1 http://sw.neurocommons.org/2007/text-mining.html
}

subgraph cluster_small_molecules {
label = "small molecules";
chebi; // 2 http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=chebi http://bio2rdf.org/chebi:Identifier
pubchem; // 1 http://bio2rdf.org/pubchem:Identifier
}

subgraph cluster_proteins {
label = "proteins"
uniprot_rdf; // 2 http://beta.uniprot.org/ http://bio2rdf.org/uniprot:Identifier http://bio2rdf.org/uniparc:Identifier http://bio2rdf.org/uniref:Identifier
uniprot_purl // 1
antibodies; // ???
}

subgraph cluster_cells {
label = "cells";
cell_ontology; // 1
ccdb_sao; // 2
neuron_db; // 2
go_cellular_location; //3 http://bio2rdf.org/go:Identifier
}

subgraph cluster_biological_investigation {
label = "biological investigation";
obi; // 2
expo; // 1
evidence_codes; // 1
mged; // microarray data
}

subgraph cluster_anatomy {
label = "anatomy";
bams; // 2
birnlex; // 2
caro; // 2
fma_lite; // ???
allen_brain_atlas; // 2 proximity to "genes"
}

subgraph cluster_diseases {
label = "diseases";
swan; // 1
disease_ontology; // 2
brainpharm; // 1
}

subgraph cluster_genes {
label = "genes";
sequence_ontology; // 1
entrez_gene; // 1 http://bio2rdf.org/geneid:Identifier
alzgene; // 1 Where is the RDF/OWL ?
homologene; // 1 http://bio2rdf.org/homologene:Identifier
}

subgraph cluster_physiology {
label = "physiology";
go_biological_process; // 3 http://bio2rdf.org/go:Identifier
}

subgraph cluster_phenotypes {
label = "phenotypes";
pato; // 2
mammalian_phenotype; // proximity to genes and diseases
}

subgraph cluster_clinical_investigation {
label = "clinical investigation and patient care";
oci; // 1
pomr; // 2
galen; // 3 http://www.co-ode.org/galen/
acpp; // 1
// RIM ontology; // http://veggente.berlios.de/ns/RIMOntology
// some ontologies on http://bioinfo.icapture.ubc.ca/ might also be of interest
}

subgraph cluster_bibliography {
pubmed_purl; // 1 ??? http://bio2rdf.org/pubmed:Identifier (not globally available due to copyright restrictions but available for personal use on request)
pubmed_lsid; // 1
}

// still unsorted ontologies

go_molecular_function; // http://bio2rdf.org/go:Identifier

mesh; // http://bio2rdf.org/mesh:Identifier

// connections

bams -> caro;
bams -> neuron_db;
brainpharm -> neuron_db;
birnlex -> ccdb_sao;
birnlex -> neuron_db;
ccdb_sao -> neuron_db;
chebi -> pdsp_kidb;
galen -> pomr;
go_molecular_function -> neuron_db;
neuron_db -> pdsp_kidb;
neuron_db -> pubmed_purl;
neuron_db -> uniprot_purl;
pdsp_kidb -> pubmed_purl;
pdsp_kidb -> uniprot_purl;

}

</graphviz>

HCLS semantic web map - История изменений

Patarakin в 18:33, 20 сентября 2022

Patarakin в 18:32, 20 сентября 2022

Patarakin в 18:31, 20 сентября 2022